El tímpano de esta portada representa a san Miguel en la típica escena de pesar las almas de los difuntos (Psicostasis) para examinar si sus méritos son suficientes, en cuyo caso los esperan dos ángeles con lienzos dispuestos a recogerlas; o bien son atrapadas por unos demonios saltarines con cabeza de perro que estiran del plato de la balanza hacia su lado. (Imagen 9). El fondo aparece también decorado con cenefa estrellada.

Al igual que en la portada oeste, quedan restos de la policromía original del tímpano. En el intrados de la arquivolta interior de la portada sur hallamos restos pictóricos de ocho escudos heráldicos separados por círculos. No debieron de contabilizar bien las dovelas, pues en el lado derecho hay dos escudos consecutivos. El perfil y estilo general de la portada, al igual que la occidental, sigue el modelo antropomorfo del de Agüero. En ésta se conservan las ménsulas y parte del tejaroz original. Las columnas que sustentan los capiteles están decoradas, salvo las exteriores, con diversos motivos geométricos y vegetales. (Imágenes 11 y 13).

Las imágenes 14 y 16 corresponden a los capiteles del lado oeste de la portada sur o de san Miguel. De izquierda a derecha: dos águilas opuestas con la cabeza vuelta sobre su dorso. En el capitel siguiente dos monstruos típicos del de Agüero: cabeza de perro, alados y cuerpo segmentado como de gusano. Una figura femenina aparece entre ambos sujetando sus alas. Quizá bailarina que surje de entre la representación del mal que probablemente encarna. El siguiente muestra a dos monstruos alados con sus colas enroscadas y mordiéndose las patas (con pies humanos). Recuerdan la composición de aves picándose las patas del maestro Esteban (como en Sos del Rey Católico -cripta-, o Leyre). En el siguiente capitel hay una arpista como la que suele acompañar a la típica bailarina de este escultor con otras dos figuras en el ángulo, probablemente hombre y mujer en situación de amor cortés.

En los capiteles del lado derecho vemos: dos grifos con sus cabezas vueltas sobre el lomo. A continuación, la emblemática bailarina del maestro de Agüero danza al son de la música de un alborgué, con el cabello suelto -signo de no estar casada- y contorsión provocadora que la hacen aparecer como icono de la lujuria. Una pareja de arpías ("arpía y arpío") en el siguiente capitel y por último dos niños ("putti") armados de maza cabalgando desnudos sobre sendos monstruos con aspecto de dragón. Semejante escena se repite en el interior del ábside de La Seo de Zaragoza, así como en el claustro de Silos.

La postura de la bailarina con las manos en la cintura y su contorsión exagerada, hace caer el cabello hasta rozar el suelo (Imagen 13). En este monográfico muestro las diferentes bailarinas que el maestro de Agüero labró en diferentes templos

He destacado uno de los modillones de esta portada sur, el situado a nuestra izquierda. Muestra el torso y cabeza de un anciano cantero con su herramienta de trabajo al hombro. Se mesa la barba en señal de sabiduría. Su figura se ha interpretado como el retrato del maestro de Agüero, probablemente contemplando su propia muerte, puesto que en el modillón situado frente a él un monstruo andrófago está devorando a una persona. Ciclo muerte-resurrección. Final de etapa. Final de vida. Final de obra. Final de estilo... Biota: el final.