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El primer tramo de la nave central, sobreelevado por haberse edificado sobre la cripta, está decorado con bello mosaico geométrico de grandes piezas de mármol de tonos rojizos, negros y beiges formando motivos geométricos que semejan decoración floral. Margaritas de significado eucarístico como más adelante encontraremos talladas en los tímpanos de templos tan emblemáticos como Santa María en Santa Cruz de la Serós o el propio de la catedral de Jaca (Imágenes 1 y 2).
Completa la simbología eucarística la decoración a base de simbólicos panes y peces tras el altar, evocando el milagro obrado por Cristo (Imagen 2)
Mediante sendas escaleras laterales, bajo este pavimento desde las naves laterales se accede a la cripta (Imagen 3 ).
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Las imágenes 4 a 13 corresponden al interior de la cripta conformada a base de breves paramentos verticales de los que arranca bóveda de cañón y cuarto de esfera en su cabecera, centrada por ventana de derrama interior. En el muro de cierre, tres vanos con dos pequeñas aperturas cada uno que comunican con la nave. Por la zona más alta de la bóveda, de la que se ha retirado en parte una capa de estuco moderna, corre una inscripción en tonos rojizos que menciona la consagración a los Santos Pedro y Pablo; y otra en caracteres visigóticos que hace referencia a los Santos Nereo y Aquileo.
Enríquez de Salamanca apunta que la cripta pudo ser la iglesia visigótica primitiva; previa a la construcción del actual templo sobre la misma .
Las imagen 8, documenta las naves laterales y sus bóvedas de arista. En la nave central es destacable, que no hay dos parejas de pilares iguales. Unos tienen semicolumnas adosadas; otros son cruciformes, el primer par carece de fajón, siendo el primer tramo de la nave central mayor que los de más... Hay una sensación de falta de proyecto completo y cerrado al iniciar la construcción; que probablemente se iría haciendo a lo largo del tiempo y quizá con sucesivas direcciones.
En la imagen 9 vemos desde la nave sur las gradas de acceso a la cabecera del templo, a las que abren las pequeñas aspilleras de comunicación con la cripta. El interior de los cilindros absidales es austero, como se puede advertir en la imagen 10, correspondiente al del lado norte.
A los pies del templo y en su nave sur, próxima a la puerta de entrada se ubica la pila bautismal de este monasterio devenido en parroquial y por tanto con necesidad de poseer este objeto para ejercer su función de dispensar los sacramentos (Imágenes 12 y 13).
Hay un capitel; frente a la puerta de entrada a la izquierda (Imagen 15 ); idéntico a otro, casualmente (?) situado en la misma ubicación en la iglesia de San Cristóbal de Luzás. La imagen 16 muestra un detalle del capitel situado ante el coro añadido en el último tramo de la nave central. Motivos a base de lazos arcaicos y frutos decoran su cesta.
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